La CRÉ dispose de deux outils financiers qui lui permettent d'intervenir directement sur le développement de la région en apportant une aide tangible aux projets qu'elle juge les plus structurants. Il s'agit du Fonds de développement régional (FDR), une enveloppe confiée à la CRÉ en vertu de la Loi sur le ministère des Affaires municipales, des Régions et de l'Occupation du territoire, ainsi que du Fonds régional d'investissement jeunesse (FRIJ), une enveloppe confiée au Forum jeunesse de la région de la Capitale-Nationale dans le cadre de la stratégie d'action jeunesse du gouvernement du Québec.
Le cas échéant, la CRÉ voit également à la gestion d'autres programmes d'aide financière tels que, par exemple, le Programme de mise en valeur des ressources du milieu forestier (Volet II) et le Programme de maintien de l'accessibilité aux terres du domaine de l'État à vocations faunique et multiressource.
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